تتمتع المنطقة الاقتصادية لقناة السويس بعدد من المزايا والحوافز الضريبية والجمركية التى كفلها لها قانون المناطق الاقتصادية الخاصة قانون الاستثمار الجديد للحد من القيود الواقعة على الاستثمار من خلال وضع وتنفيذ الإطار الإدارى والتنظيمى الميسر.
وتتمثل هذه الحوافز، فى أن المنطقة الاقتصادية معفاة من الضريبة الجمركية لكافة الواردات المستوردة من الخارج من المعدات والآلات والأجهزة، والمواد الخام والمهمات وقطع الغيار، وأية مواد أو مكونات بشرط أن تكون لازمة لمزاولة النشاط “بهدف التصدير للخارج” أما فى حالة التصدير للسوق المحلى يتم سداد كافة الضرائب على المكون الأجنبى فقط.
المنطقة الاقتصادية صنفت ضمن الفئة (أ) كأعلى المناطق الاستثمارية بمصر، بالتمتع بأكبر نسبة حافز ضريبى بالنسبة لضريبة الدخل، وهو عبارة عن رد ضريبى لنسبة 50% من التكاليف الاستثمارية التى تكبدها المشروع ولمدة سبع سنوات من البداية الفعلية للنشاط خصماً من صافى ربح المشروع الخاضع للضريبة.
وبالنسبة لحوافز ضريبة القيمة المضافة فالمنطقة تخضع للضريبة بسعر (صفر) على السلع والخدمات التى تصدرها مشروعات المنطقة إلى خارج البلاد، وعلى السلع أو الخدمات التى يصدرھا السوق المحلى لمشروعات المنطقة شريطة أن تكون لازمة لمزاولة النشاط
كما أن المنطقة الاقتصادية معفاة تماماً من أى رسوم أو ضرائب مباشرة أو غير مباشرة بخلاف ما سبق ذكره مثل ضريبة الدمغة، أو أى رسوم أو ضرائب أخرى تحت أى مسمى ،بالإضافة إلى أن المنطقة لا تخضع للقوانين المنظمة للاستيراد والتصدير أو القيود الاستيرادية أو القيد فى سجل المستوردين أو المصدرين، فالمنطقة لها نظم ضريبية وجمركية خاصة بها تختلف عن الشأن العام خاصة بمشروعات المنطقة فقط.
وفيما يخص الاتفاقيات التجارية التفضيلية فالمنطقة تمتع بكافة الاتفاقيات التجارية الدولية، مما أضاف لها ميزة إمكانية الوصول إلى 1.6 مليار مستهلك حول العالم.
